大概可以归纳的答案是：阳具应该是古代的叫法之一，古时候主要叫“阳物”“阳峰”“茎”“玉茎”，其中“阳”字本身含义就有“男性生殖器”一层（来自字典），而剩下的字形容形状，个人认为属于一种比较体现交媾工具性和男性气质的叫法；而“阴”从古代一般指的是生殖器（男女都有），又始终兼备“隐蔽的”“潜藏的”含义，虽然在古代很少用于形容男性性器官（也是有的），但是在现代解剖学中由于借鉴了日本的翻译，又有生殖器和隐蔽的本意，所以和古代就有的“茎”结合组成更常用于医学/专业术语的新词汇。
也因此二者虽然描述同一个东西但是在语言色彩上存在着不同，比如黄文里不太用阴茎这个词，它显得很科学